Historia Rabki sięga XIII wieku. Po raz pierwszy nazwa miejscowości została wymieniona w dokumencie Bolesława V Wstydliwego z 1254 roku, potwierdzającym posiadanie tych terenów przez klasztor Cystersów ze Szczyrzyca. Jest w nim mowa o istniejących tu warzelniach soli. Jan Długosz powołując się na ten dokument, użył wyrażenia „Sal in Rabka”, świadczy to o tym, iż rabczańskie solanki były już wtedy znane i doceniane. Również niektóre nazwy podawane w XIII wieku, jak np. rzeka Słonka, potwierdzają eksploatację soli rabczańskich. Cystersi korzystali z warzelni do lat 30-tych XIV w., kiedy to pozbawieni zostali większości swych dóbr na Podhalu oraz terenach rabczańskich. Pierwsza lokacja wsi miała miejsce w roku 1364, kiedy to Kazimierz III Wielki nadał Mikołajowi z Uścia przywilej lokacji Rabki na prawie magdeburskim, pomiędzy rzekami Rabą, Słoną, Łętownią i Kasiną.
Z początkiem XV w. Rabka przeszła w posiadanie rodu Ligęzów, którym została odstąpiona przez Zygmunta, wójta z Dębowego Działu. Kolejna lokacja Rabki, na prawie magdeburskim nastąpiła w 1446 roku. W akcie lokacyjnym dla Andrzeja i Piotra Jakuszów z Olszówki, wymienione są m.in. nazwy: góry Lubany (Luboń), spływających z niej potoków Lubońskiego i Miedzianego, rzeki Raby, Poniczanki i Słonki.
W II połowie XV w. Rabka przeszła w ręce rodu Jordanów herbu Trąby z Zakliczyna. W 1557 r. kasztelan krakowski, Wawrzyniec Spytek Jordan, był fundatorem pierwszej rabczańskiej parafii i drewnianego kościoła wybudowanego w 1565 r., który został zniszczony przez powódź lub pożar pod koniec XVI w. Rejestr poborowy z 1581 r. podaje, że do parafii rabczańskiej należały wsie Rabka, Chabówka, Olszówka, Słone, Skomielna (Biała), Rokiciny i Ponice. W miejsce zniszczonego kościoła, w latach 1600-1606 postawiono nową, modrzewiową świątynię istniejącą do dziś. Jest to unikatowy zabytek architektury sakralnej, w 1936 r. przekształcony w Muzeum im. Władysława Orkana.
W drugiej połowie XVI w. zainteresowanie solankami rabczańskimi, które cieszyły się opinią uzdrawiających, wynikało również z przypuszczenia o występowaniu tu dużych pokładów soli. W 1568 r. Jerzy Grossman, który zawiązał towarzystwo gwarków, uzyskał od Zygmunta Augusta zezwolenie na poszukiwanie i kopanie soli. Próby górniczego pozyskiwania soli nie udały się i prace zostały przerwane. Późniejsze badania udowodniły, że rabczańskie solanki nie mają nic wspólnego ze złożami soli.
Po roku 1596 Rabka często zmieniała właścicieli. Przechodziła kolejno w ręce rodzin Zebrzydowskich, Przyłęckich, a w okresie późniejszym Komorowskich i Wielopolskich. Przez wszystkie te lata Rabczanie korzystali nieprzerwanie ze słonej wody, używając jej do celów leczniczych i kuchennych. Wraz z rozbiorami Rabka przeszła pod panowanie austriackie. Zaborca, w trosce o monopol państwowy na sól, zabronił czerpania wód solankowych i w roku 1813 nakazał zasypanie źródeł.
W pierwszej połowie XIX w. dobra rabczańskie nabył Józef Wieniawa Zubrzycki, którego syn, Julian Zubrzycki, stał się twórcą uzdrowiska w Rabce. Ważna data dla uzdrowiskowej historii Rabki to rok 1858, w którym przeprowadzono pierwszą analizę chemiczną solanek. Badania zainicjował Józef Dietl, profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego, założyciel Komisji Balneologicznej Towarzystwa Naukowego Krakowskiego. Stwierdzono, że solanki zawierają m.in. jod i brom, o stężeniu które postawiło je na czołowym miejscu w Europie. Wyniki badań skłoniły Komisję do wystąpienia do władz austriackich z wnioskiem o otwarcie zakładu kąpielowego. W 1860 roku, zgodę na urządzenie uzdrowiska otrzymał dziedzic Rabki, Julian Zubrzycki. W 1861 roku oczyszczono zasypane źródła „Maria”, „Rafaela”, „Kazimierz”, „Krakus” i „Helena” oraz rozpoczęto budowę tzw. „Łazienek”. Pierwszy etap utworzenia Zakładu Zdrojowego zamyka rok 1864, w którym oficjalnie otwarto uzdrowisko. Jego centrum zlokalizowano w sąsiedztwie eksploatowanych wówczas źródeł a głównym punktem był deptak biegnący równolegle do „Łazienek”.
Rozwój uzdrowiska zdynamizowało połączenie kolejowe Chabówka-Kraków oraz Chabówka-Rabka (1885 r.), przyczyniając się do wzrostu frekwencji kuracjuszy. W 1864 roku to 120 osób, rok 1887 to już ok. 1000 osób. W roku 1887 staraniem prof. Macieja Leona Jakubowskiego, wybitnego pediatry i przy wydatnej pomocy Juliana Wieniawy Zubrzyckiego otwarto w Rabce pierwszy w Polsce, a trzeci w Europie Zakład Leczenia Dzieci Skrofulicznych, co zapoczątkowało specjalizację Rabki jako uzdrowiska dziecięcego.
W 1895 roku Rabka przeszła w posiadanie rodziny Kadenów. Uzdrowisko szybko się rozwijało, osiągając w okresie międzywojennym międzynarodową renomę. Było zaliczane do największych europejskich uzdrowisk przede wszystkim dla dzieci. Przytoczmy liczbę kuracjuszy: 1914 rok - 6 729 osób, 1938 rok - 27 452 osoby, 1939 rok - 30 153 osoby. Sam Zakład Zdrojowy posiadał przeszło 300 pokoi w kilkunastu budynkach, prócz tego kilkadziesiąt dworków i pensjonatów. Zabiegi prowadzono m.in. w oddziałach borowinowym, hydropatycznym, elektro-terapii oraz inhalatorium.
Dynamiczny rozwój Rabki i uzdrowiska przerwał wybuch II Wojny Światowej i tragiczne lata okupacji. Uzdrowisko było nieczynne, źródła zostały zanieczyszczone, w sanatoriach przebywali ranni żołnierze i piloci niemieccy. W mieście zlokalizowano prawie wszystkie jednostki organizacyjne jakimi dysponował okupant. Przystąpiono do eksterminacji ludności żydowskiej stanowiącej w Rabce i okolicach duży procent społeczeństwa. Mieszkańcy Rabki prowadzili walkę partyzancką, organizowali tajne nauczanie. Wycofujące się wojska niemieckie znacznie zniszczyły uzdrowisko - spalono Zakład Przyrodoleczniczy, elektrownię, stację kolejową i wiadukt w Chabówce. 28 stycznia 1945 roku wojska radzieckie uwolniły Rabkę spod okupacji hitlerowskiej.
W Polsce wycieńczonej wojną, problemem stała się zwiększona zachorowalność na gruźlicę, zwłaszcza wśród dzieci. Pomimo zniszczeń i braku podstawowych urządzeń, już w 1945 roku podjęto przygotowaną na szeroką skalę akcję leczenia. Częściowo odbudowano i uruchomiono Zakład Przyrodoleczniczy, a w roku 1948 upaństwowiono Zakład Zdrojowy, powołując Zarząd Państwowego Uzdrowiska.
W 1947 roku zostaje otwarte sanatorium obserwacyjne dla dzieci w willi „Wiosna”, kolejne w budynku Oficerskiego Domu Wypoczynkowego. W miejsce Sanatorium Czerwonego Krzyża powstał Dziecięcy Ośrodek Sanatoryjno-Prewencyjny na ok. 800 łóżek dla dzieci śląskich górników (dzisiaj Śląskie Centrum Rehabilitacyjno-Uzdrowiskowe im. dr. Adama Szebesty). Istniejące od 1937 r. Dziecięce Sanatorium Rodziny Kolejowej (późniejszy Dziecięcy Szpital Uzdrowiskowo-Rehabilitacyjny Rodziny Kolejowej im. Aleksandry Piłsudskiej), w roku 1947 podejmuje na nowo pracę na rzecz walki z gruźlicą.
Zakład Leczenia Dzieci Skrofulicznych założony przez M. L. Jakubowskiego przetrwał I Wojnę Światową i rozwijał dalej działalność w okresie międzywojennym. Po II Wojnie nie został już uruchomiony. Jego działania i cele przejął utworzony w 1946 r. Zespół Sanatoriów Dziecięcych z których to, po wielu przekształceniach powstał dzisiejszy Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc. W latach 1956-1986 kierownictwo Ośrodka sprawował prof. Jan Rudnik, twórca współczesnej pneumonologii dziecięcej. Prowadzony przez niego Ośrodek zyskał europejską sławę.
Unowocześniają się i rozwijają ośrodki sanatoryjno-lecznicze, powstaje nowy Park Zdrojowy, liczne zieleńce, budowane są ciągi komunikacyjne. Uregulowane zostają potoki Słonka i Poniczanka, w centrum uzdrowiska staje muszla koncertowa, wybudowano kino, powstają szkoły podstawowe, rozwija się sieć gastronomiczna, handlowa i usługowa. Działalność wznawia Muzeum im. Wł. Orkana (powstałe w 1936 r.), reaktywuje się oddział rabczański Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego (1948 r.), powstaje teatrzyk lalek „Rabcio-Zdrowotek” (1949 r.), wznawia działalność Gorczański Oddział Związku Podhalan (1960 r.). 21 września 1953 roku Rabka otrzymuje prawa miejskie.
Spadek zachorowalności na gruźlicę w latach 60-tych, łączy się ze zmianą profilu leczniczego placówek sanatoryjnych w kierunku przewlekłych chorób układu oddechowego. Baza sanatoryjna jest dalej unowocześniana, w mieście powstają kolejne obiekty sprzyjające lecznictwu, wypoczynkowi i turystyce, podtrzymujące chlubny statut uzdrowiska. W latach 70-tych rozpoczyna się budowa nowego Zakładu Przyrodoleczniczego.
W 1977 roku zatwierdzono herb Rabki projektu Jerzego Koleckiego, przedstawiający połowę tarczy słonecznej i twarz uśmiechniętego dziecka, co trafnie oddaje charakter i misję miasta.
W uznaniu zasług za pracę na rzecz dzieci 1 czerwca 1996 roku w trakcie I Światowego Zlotu Kawalerów Orderu Uśmiechu, Rabka otrzymała nadany przez Kapitułę Orderu, UNESCO i Wojewodę Nowosądeckiego tytuł „Miasto Dzieci Świata”. Wydarzenie to miało szczególny charakter ze względu na to, iż większość starań dorosłych, skierowana jest w stronę najmłodszych. To dla nich, oprócz doskonałej bazy sanatoryjno-leczniczej, przygotowano place zabaw, ścieżki rowerowe, miejsca wypoczynku, organizowane są liczne atrakcje, koncerty i konkursy, gdyż w Rabce najważniejsze są właśnie dzieci. W 1999 roku nazwa gminy została zmieniona na Rabka-Zdrój co szczególnie podkreśla jej uzdrowiskowy charakter.
6 grudnia 2004 roku, na placu przed dworcem PKP stanął pomnik ukochanego przez wszystkie dzieci Świętego Mikołaja. Jedną z idei pomnika, autorstwa Michała Batkiewicza, jest przywrócenie prawdziwego wizerunku postaci św. Mikołaja - biskupa z Miry w Azji Mniejszej.
